Центральное духовное управление мусульман России Высочайшем Указом Екатерины II от 22 сентября 1788 года было создано в Уфе и называлось «Уфимское духовное магометанского закона собрание».

Решение о строительстве здания для Магометанского духовного собрания в Уфе было принято по предложению Оренбургского и Самарского генерал-губернатора. Первый проект здания для Магометанского духовного собрания был составлен губернским архитектором А.А.Гопиусом в 1846 году, утвержден в 1847 году. Но не найдя нужного количества денег, муфтий порекомендовал уменьшить размер здания, что и было сделано. Новый проект и смету представили 31 декабря 1852 года в Главное управление путей сообщения и публичных зданий, а 28 апреля 1853 года утвержденные документы были возвращены в Оренбургскую строительную и дорожную комиссию. В мае следующего года коллежский асессор Каминский добился подряда на строительство суммой в 36990 рублей, что на 3010 рублей меньше первоначально установленной властями. Однако 21 апреля 1855 года Оренбургский муфтий Сулейманов обратился к генерал-губернатору с ходатайством о переделке составленного проекта, так как в проект не было включено помещение для муфтия. Губернский архитектор Домбровский по предписанию представил строительной комиссии черновой проект на постройку деревянного флигеля для муфтия, цену которого определил в 5000 рублей, причем Каминский брался построить этот флигель за 3500 рублей. Муфтий с этим не согласился, и тогда строительная комиссия предложила Домбровскому пересоставить проект на постройку уже двухэтажного Магометанского собрания, c тем, чтобы на 2 этаже находилась квартира для муфтия. Каминский обратился в строительную комиссию с письмом, в котором сообщил о том, что он не может за 36990 рублей построить все требуемое, ибо вновь предлагаемые постройки будут стоить значительно больше вышеуказанной суммы. После отказа Каминского был составлен новый проект, который после всех согласований и утверждений 16 ноября 1859 года направлен в строительную комиссию. После их проверки и исправления встретившихся погрешностей в расчетах стоимость строительства должна была составлять 42414 рублей 18 копеек. Торги, состоявшиеся в феврале 1860 года, не дали желаемого результата, и только 12 декабря того же года с инженер-капитаном Авдеевым был заключен контракт на постройку в Уфе здания для Магометанского духовного собрания. Для наблюдения за работами назначили инженер-капитана Сергеева. 22 мая 1861 года Авдеев приступил к работе. При рассмотрении утвержденного проекта оказалось, что в нем нет каретника, конюшни и погреба для флигеля, предназначенного имаму и кадиям, а также отсутствуют баня и ограда для заднего двора. По этой причине были составлены и утверждены дополнительные сметы. В августе 1861 года подрядчик предложил указанный в чертеже карниз из местного камня, который чрезвычайно рыхл, заменить на железный «по примеру карнизов в Дворянском собрании и губернаторском доме». Замену Авдееву разрешили. Подобные рабочие вопросы решались благоразумно, и дело постройки здания успешно продвигалось. 22 сентября 1864 года поверенный инженер-капитана Авдеева секретарь Н.В.Поляков направил в Оренбургскую строительную и дорожную комиссию рапорт: «Имею честь предъявить, что здание Магометанского духовного собрания постройкою кончено, вследствие чего имею честь покорнейше просить сделать распоряжение о принятии от меня означенного здания и учинении со мною окончательного расчета с выдачей залогов». Освидетельствование зданий производил «архитекторный» помощник Фон Гросс, который сделал некоторые замечания по неточному выполнению и качеству работ, а в основном все было выполнено по проекту. Духовное собрание определило, что не имея никаких удостоверенных строительной комиссией сведений о прочности всех зданий, оно не может его принять в свое распоряжение, по причине того, что нет денег, необходимых для отопления домов, найма сторожей и страховки от огня, а также разрешения министра внутренних дел. Об этом, представляя на усмотрение начальника губернии, собрание просило его сообщить: может ли оно до получения разрешения от министра принять здания в свое ведение. Наконец, 29 июля 1865 года Оренбургский и Самарский генерал-губернатор предложил Магометанскому духовному собранию принять в свое ведение отстроенный для него дом.